Απομόνωση μικροφυκών από τις αλυκές της Καλλονής Λέσβου και ταυτοποίησή τους με μοριακές μεθόδους ταξινομικής

Abstract

Το είδος Dunaliella salina είναι το χαρακτηριστικό είδος στα συστήματα των Αλυκών, με μεγάλη οικολογική και οικονομική σημασία. Γενικά, είναι ένα αρκετά μελετημένο είδος τόσο στο πεδίο αλλά και στα εργαστηριακά πειράματα. Από τις μελέτες που έχουν δημοσιευθεί, έχει γίνει φυλογενετική ταξινόμηση σε άλλες περιοχές μελέτης αλλά υπάρχουν λίγες δημοσιεύσεις για την Dunaliella salina στις Αλυκές της Καλλονής. Ο σημαντικός της ρόλος σε αυτά τα συστήματα, προέρχεται κυρίως λόγω των δομικών χαρακτηριστικών που την βοηθούν να επιβιώσει και να αποτελεί αναπόσπαστο κομμάτι της λειτουργίας των Αλυκών. Η δειγματοληψία στις Αλυκές πραγματοποιήθηκε από δύο πηγές με διαφορετικά επίπεδα αλατότητας. Η απομόνωση και καλλιέργεια των ειδών που ταυτοποιήθηκαν, πραγματοποιήθηκε στο εργαστήριο Υγρής Οικολογίας χρησιμοποιώντας μεθόδους καλλιέργειας και μοριακές τεχνικές. Οι πρώτες παρατηρήσεις πραγματοποιήθηκαν στο μικροσκόπιο και από εκεί επιβεβαιώθηκε το γένος του μικροφύκους. Από τα αρχικά δείγματα (2) μετρήθηκαν και προσδιορίστηκαν οι συγκεντρώσεις χλωροφύλλης και καροτενοειδών. Στις Αλυκές εντοπίζεται αφθονία καροτενοειδών, γεγονός που είναι σημαντικό γιατί παρέχουν σημαντικές πληροφορίες για την κατανόηση των φυσιολογικών αποκρίσεων στις περιβαλλοντικές διακυμάνσεις ή για την κατανόηση των συνεπειών συγκεκριμένων μεταλλάξεων. Σε μοριακό επίπεδο, για την φυλογενετική ταξινόμηση, ακολουθήθηκε μία σειρά μοριακών τεχνικών για την απομόνωση του DNA των τριών δειγμάτων που μελετήθηκαν στο εργαστήριο (στελέχη του γένους Dunaliella). Η βιοπληροφορική ανάλυση που πραγματοποιήθηκε ακολούθησε σύγχρονες μεθοδολογίες που περιλαμβάνουν και ταυτοποίηση μέσω της αποτύπωσης και σύγκρισης αλληλουχιών DNA. Χρησιμοποιήθηκαν, τέσσερα γονίδια-εκκινητές για την μοριακή ταξινόμηση. Πιο αναλυτικά, τα γονίδια που χρησιμοποιήθηκαν :  18s  ITS  RBCL  TufA Οι αλληλουχίες νουκλεοτιδίων που αποτυπώνονται επεξεργάστηκαν με το λογισμικό DNA Baser (Heracle BioSoft SRL). Μετά τη στοίχιση, οι αλληλουχίες που επιλέχθηκαν για φυλογενετική ανάλυση επεξεργάστηκαν με τον αλγόριθμο Clustal X και η ανάλυση έγινε στην βάση της Μπεϋζιανής Συνεπαγωγής (Βayesian Ιnference) με τη χρήση του λογισμικού Mega Χ. Η ανάλυση της παρούσα εργασίας έγινε με βάση τα αποτελέσματα που προέκυψαν από πέντε φυλογενετικά δέντρα και τελικά έγινε η ταυτοποίηση και ταξινόμηση των τριών δειγμάτων (στελεχών).